Sebanyak 53 klub peserta ISC B 2016 akan terbagi dalam delapan grup. Untuk babak penyisihan grup ISC B 2016 akan digelar dengan sistem home-away atau kandang-tandang. Sedikitnya ada enam klub maju menjadi calon tuan rumah laga pembuka ISC B 2016, diantaranya Persiraja Banda Aceh, Persis Solo, PSS Sleman, Persikabo Kabupaten Bogor, PSGC Ciamis, dan PSCS Cilacap.
